Přestože pro ankylozující spondylitidu je charakteristickým znakem kostní novotvorba v místech chronického zánětu, přibližně u jedné čtvrtiny pacientů s AS vzniká osteoporóza neboli řídnutí kostí s poruchou struktury. Pokles BMD (bone mineral density) byl u nemocných detekován již časně po manifestaci onemocnění, neboť zánětlivý proces koreluje se zvýšenou kostní resorpcí. Nejzávažnější komplikací osteoporózy je pak vznik zlomeniny těla obratle, k níž dochází až u 10–20 % jedinců s ankylozující spondylitidou. Mezi rizikové faktory pro vznik osteoporózy u pacientů s AS patří nízká hmotnost, vyšší aktivita onemocnění včetně vyšší hodnoty C-reaktivního proteinu (CRP; bílkovina, jejíž hodnota se v organismu zvyšuje při přítomnosti zánětu kdekoliv v organismu, jednou z příčin zvýšení může být i zánět při ankylozující spondylitidě). Důležitým rizikovým faktorem je dále větší funkční postižení, které druhotně vede k poruše pohybu a tím i k „odvápnění“ obratlových těl. Pro vznik zlomeniny obratlů je pak důležitá celková doba trvání onemocnění, věk nemocného a vyšší stupeň rentgenového postižení.Svoji roli hrají i deformity páteře a postižených kloubů, které vedou ke změně těžiště těla s následným vyšším rizikem rozvoje pádů, což opět přispívá ke zvýšenému výskytu fraktury obratlů.
V důsledku fraktury obratlů mohou u pacientů nastat i různé neurologické komplikace při poranění různých nervových struktur. Může dojít k poranění míchy nebo odstupujících nervových kořenů a dále ke vzniku hematomů podél páteře s následným vznikem poruchy čití nebo poruchy hybnosti vycházející z útlaku nervových kořenů odstupujících z míchy.